地方官吏的顽固，对开海所持的抗拒势态，而这对30年后，已是晚年的康熙，终于产生了影响，如前所述，在他南巡过苏州时，问船厂事宜，船厂却回答：“每年造船出海贸易者，多至千余”， 但回来的仅至一半。这对他的影响甚大，康熙五十五年（1716年）十月，康熙谕大学士等言：“海防乃今日之要务……朕南巡过苏州时，见船厂问及，咸云每年造船出海贸易者多至千余，回来者不过十之五六，其余悉卖在海外。”“海外有吕宋（今菲律宾马尼拉）、噶喇吧（今印尼雅加达）两处地方。噶喇吧乃红毛国（指荷兰）泊船之所。吕宋乃西洋（指西班牙）泊船之所。彼处藏匿盗贼甚多。内地之民，希图获利，往往于船工上载米带去，并卖船而回。甚至有留在彼处之人，不可不预为措置。”加之通过与罗马教廷的矛盾冲突，康熙体会到西方都会势力的骄横，觉察到西力东渐的潜在威胁。他不仅颁布了禁教令，禁止传教士在中国 的传教活动，而且为国人敲响了警钟， 他为此忧心忡忡，称“海外如西洋等国，千百年后，中国恐慌受其患。此朕逆料之言……国家承平日久，务须安不忘危”。也就这一期间，在康熙五十六年即1717年，他颁发了“南洋禁航令”。
原来，海禁重开后，深受海禁之苦的沿海人民纷纷出国谋生，每年造船出海贸易者多至千余，不少人居留南洋。清政府因担心汉人出洋日多会危及统治，并认为南洋各国历来是“海贼之渊薮”“数千人聚集海上，不可不加意防范” 。加上地方官员谎报每年造船数千出洋返回者寥寥，木材、粮食都让外国人搞走了，于是，开海后，在康熙五十六年（1717年），规定内地商船不准到南洋吕宋(今菲律宾)和噶喇吧（今印度尼西亚雅加达）等处贸易，南洋华侨必须回国，澳门船不得载华人出洋。同时加强海路限令，严令沿海炮台拦截前往船只，水师各营巡查，禁止民人私出外境。福建巡抚的密陈，更称是行商秘密把船卖给外国人，又把国内的大米去接济外域，如此发展下去，势必在将来成为中国最大的隐患，特报请圣祖康熙帝，虑洋船盗劫，请禁艘舶出洋，以省盗案。圣祖果然批允，从此沿海百弊丛生。这号人，坐井观天，偏以为有经国远猷，就这么报上去了。可叹当时九卿议者，没一个身历海疆，没一个熟悉情况的。而当地及士子了解情况的，又没办法直陈天庭，什么话也说不上，南海之禁，就是这么起的。
南洋禁航令明确宣布：“凡商船照旧东洋贸易外，其地，南洋吕宋、噶喇吧等处不准商船前往贸易，于南澳等地方截住。令广东、福建沿海一带水师各营巡查，违禁者严拿治罪。其外国夹板船照旧准来贸易，令地方文武官严加防范。”并规定，出海贸易人民，三年之内准其回籍，三年不归，不准再回原籍。
南洋禁航令不是像清初那样全面禁海，而是有所区别，中外不同。中国商船禁航南洋，但东洋照旧；外国商船来华不禁，但要严加防范。其真正的目的，不是断绝中外贸易，而是禁止中国商民往“红毛”“西洋”占据的噶喇吧和吕宋，严防汉人在海外聚集，与西洋人相结合倾覆清朝统治。正如清人所说：“设禁之意，特恐吾民作奸勾夷，以窥中土。”康熙作为一个满族统治者，始终对汉人存有猜忌。他曾明确说过：“朕临御多年，每以汉人为难治，以其不能一心之故。”他对西方人也处处防范和担忧。为了大清皇朝的长治久安，这才有南洋禁航令。（康熙自以为他是深谋远虑。但实际上它严重破坏了沿海百姓的生计，阻碍了中外贸易的顺利进行，对国内社会经济的发展造成极大影响，不仅不能解除西方的威胁，反而削弱了自己。）
禁航令颁布后，东南沿海民生凋敝。福建士绅蓝鼎元进一步论述了它的危害。他指出：“福建、广东人稠地狭，田园不足耕。百姓望海谋生者，十居五六。”“南洋未禁之先，闽、广家给人足，游手无赖亦为欲富所驱，尽人番岛，鲜有在家饥寒窃劫为非之患。”总之，“禁南海，有害而无利，但能使沿海居民富者贫，贫者困，驱工商为游手，驱游手为盗贼耳”。
他认为清廷采取这种愚不可及的做法是因为让地方官员忽悠。“闽抚密陈、疑洋商卖船与番，或截米接济异域，恐将来为中国患。又虑洋船盗劫，请禁艘舶出洋，以省盗案。以坐井观天之见，自谓经国远猷，居然入告。乃当时九卿议者，既未身历海疆，无能熟悉情形。土人下士知情者，又不能自达朝廷，故此事始终莫言，而南洋之禁起焉。”
正如他所指见：“故有以四五千金所造之洋艘，系维朽蠹于断港荒岸之间……一船之敝，废中人数百家之产，其惨目伤心可胜道耶？沿海居民，萧索岑寂，穷困不聊之状，皆因洋禁。”
王胜时也说：“闻往时闽中巨室皆擅海舶之利，西至欧罗巴，东至日本之吕宋、长岐，每一舶则钱货充韧……是以富甲天下。自海禁严而闽贫矣。”康熙开海30年后这次逆转，当是历史的反复震荡之必然。
其实，哪怕在已有启蒙意识、思想开明的文化人中，也同样摆脱不了这传统的观念，如著名学者、诗人屈大均，虽然写过讴歌十三行名篇，但他也一样摆脱不了忧虑，且早在康熙颁发南洋禁航令前二三十年（凶卒于康熙三十五年），便写有“洋舶通时多富室，岭门开后少坚城”的诗句。我们不可能要求他有百年后“师夷长技以制夷”的思想，但亦可看出当年再开明的知识分子，也仍未思考如何学习西方技艺，只恪守“中学为体”的原旨。
诸如石柱一类的官员，康雍乾三朝可谓比比皆是。但是，能清醒看到沿海百姓民生者，亦仍有人在。潮人的名学者，亦担任过地方官员的蓝鼎元，在南洋禁航令颁布之际，便痛心地指出：一禁海，“既禁之后，百货不通，民生自蹙。居者苦艺能之无用，行者叹之远之无方”。这段话，一是指出禁洋之不合民情，二则列陈封疆大吏不遗余力实施禁洋所造成的后果——其时，正是杨宗仁任两广总督之际。
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